Eduard Meyer lehrte von 1902 bis 1923 Alte Geschichte an der Friedrich-Wilhelm-Universität Berlin. Als Rektor der Universität machte er sich vor allem in den politisch und wirtschaftlich schwierigen Jahren 1919/20 u.a. durch die Schaffung der Studentenhilfe Berlin verdient. Als Historiker mit universalhistorischem Ansatz legte er eine umfangreiche fünfbändige Geschichte des Altertums (GdA) vor, die einen Bogen zwischen Orient und Okzident zu schlagen versuchte.

Meyer wurde 1855 als Sohn von Henriette (1836–1905) und Dr. Eduard Meyer (1804–1884) in Hamburg geboren. Schon früh erlernte er, nicht zuletzt durch seinen Vater, der selbst Altphilologe und Lehrer am Johanneum in Hamburg war, Latein und Griechisch. Meyer wuchs in einem liberalen hanseatisch geprägten Umfeld auf und wurde seinen Fähigkeiten entsprechend auf der Gelehrtenschule des berühmten Johanneums unterrichtet. Hier konnte er nicht nur die für seinen wissenschaftlichen Werdegang so wichtigen ersten Kenntnisse des Hebräischen und Arabischen erhalten, sondern fand darüber hinaus in dem Thukydikesforscher und Schüler Niebuhrs Johannes Classen, der dem Johanneum als Rektor vorstand, einen geeigneten Mentor und ihm zugewandten Förderer.

Mit Hilfe eines Stipendiums, das ihm aufgrund seiner überragenden schulischen Leistungen gewährt wurde, konnte er nach Erlangung des Abiturs bereits 1872 ein Studium der Geschichte in Bonn aufnehmen. Doch bereits ein Semester später verließ Meyer Bonn, um sich ganz den orientalischen Sprachen in Leipzig zu widmen, die er für seinen Plan, eine universalhistorische Geschichte des Altertums zu verfassen, benötigte. Er studierte in Leipzig u.a. Arabisch, Persisch, Türkisch, Syrisch, Sanskrit, Ägyptisch, Geschichte, Philosophie und Völkerkunde, um schließlich 1875 mit der Arbeit „Gott Set-Typhon“ zu promovieren.

Nach einer zweijährigen Anstellung als Privat- und Hauslehrer für die Kinder des englischen Generalkonsuls Sir Philip Francis in Konstantinopel, , und nach Ableistung seines Militärdienstes in Hamburg, habilitierte sich Meyer 1879 mit seiner im Johanneum begonnenen Arbeit über die „Geschichte des Königreichs Pontos“. Es folgten fünf für ihn sehr lehrreiche und von ihm selbst als lebendig bezeichnete Jahre als Privatdozent in Leipzig – dem damaligen Zentrum der Orientalistik in Deutschland –  bis Meyer schließlich 1885 das Ordinariat in Breslau für Alte Geschichte besetzen konnte. Er folgte 1885 einem Ruf nach Halle sowie 1902 nach Berlin, wo er bis zu seinem Tod 1930 wirkte.

Auch Meyer gehörte zu den großen Förderern und Mitbegründern der Deutschen Orientgesellschaft und versammelte eine große Schar Studenten aus dem In- und Ausland um sich, die später zu bekannten Forscherpersönlichkeiten wurden. Schon im Jahre 1914 veröffentlichte Meyer eine Monographie über die Hethiter, denen vor allem in den Jahren bis 1920 sein gesteigertes Interesse galt. Dies ist,, für den jungen Forrer und dessen Weg in die Hethitologie von entscheidender Bedeutung gewesen, wie überhaupt Eduard gerade für Emil Forrer eine wichtige Bezugsperson blieb.

Denn nicht zuletzt Meyers glänzender Ruf als Universalhistoriker und führender Gelehrter auf diesem Gebiet im Europa seiner Zeit veranlasste letztendlich den jungen Forrer wie auch z.B. Fritz Schachermeyr nach Berlin zu gehen.