Ernst Weidner wurde in Pasewalk geboren und begann sein Studium der Assyriologie in Berlin. Er gehörte wie Forrer, Lewy und Andere zur großen Pioniergeneration der deutschen Assyriologie. Er war Schüler von Friedrich Delitzsch und zeigte schon früh seine Meisterschaft im Kopieren von Keilschrifttexten. Zusammen mit H. Figulla autographierte er den ersten Band der Keilschrifturkunden aus Boghazköi. Bis 1915, da war Weidner gerade 24 Jahre, hatte er auch bereits vier Buchpublikationen vorgelegt. Weidners Arbeiten waren stets von großer Qualität und erreichten einen besonderen Wert für die altorientalische Forschung, man ist fast versucht zu sagen, Weidner schuf „Klassiker“. In erster Linie sind hier zu nennen „Politische Dokumente aus Kleinasien“, die „Inschriften der altassyrischen Könige“ und „Die Bibliothek Tiglatpilesars I.“ Trotz mehrfacher Aufforderung Meissners, sich zu habilitieren, hat dies Weidner immer abgelehnt. Statt dessen arbeitet er bis Ende 1942 als Journalist in Berlin und gründete die bis heute angesehene Fachzeitschrift Archiv für Orientforschung, die er in Forrerscher Manier im Selbstverlag erscheinen ließ. Am 1. Januar 1943 wurde Weidner Ordinarius für Assyriologie in Graz.

Weidners umfangreiches Wirken als Journalist, Herausgeber, Forscher und Lehrer brachte ihm den größten Respekt seiner Fachkollegen ein. 1934 erhielt Weidner die Leibniz-Medaille der Preußischen Akademie der Wissenschaften und wurde 1955 korrespondierendes Mitglied der Österreichischen Akademie der Wissenschaften.